Οι δείκτες επίδοσης των ιδρυμάτων αποσκοπούν στην παρακολούθηση της πορείας των δεδομένων ποιότητας και στη συνεχή βελτίωσή τους. Κάθε Ίδρυμα μπορεί να ορίσει δείκτες που θα τους χρησιμοποιήσει στη σύνταξη μελετών και εκθέσεων για την εσωτερική και εξωτερική αξιολόγησή του, στη συγκρότηση στρατηγικής και τη σύνταξη στοχοθεσίας για τη διασφάλιση ποιότητας και γενικότερα στη λήψη αποφάσεων για την εξέλιξή του στους τομείς που χρήζουν βελτίωσης.

Πέραν από τους δείκτες που ορίζει το κάθε ίδρυμα, η ΕΘΑΑΕ παρέχει Εγχειρίδιο Δεικτών Ποιότητας, το οποίο αποτυπώνει τις επιδόσεις των ιδρυμάτων στις εξής ακαδημαϊκές οντότητες/μονάδες:

Οι "Δείκτες Ιδρύματος" αποτυπώνουν επιδόσεις των ιδρυμάτων σε 5 τομείς:

  1.  Εκπαιδευτικό έργο
  2.  Έρευνα και καινοτομία
  3.  Χρηματοδότηση
  4.  Ανθρώπινο δυναμικό
  5.  Υποδομές και υπηρεσίες

Συγκεντρωτικά, οι Δείκτες Ποιότητας που έχει ορίσει η ΕΘΑΑΕ, σύμφωνα με το πιο πρόσφατο εγχειρίδιο (v.1.04.000), είναι διαθέσιμοι σε μορφή pdf εδώ.