Η ΜΟΔΙΠ του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών χρηματοδοτείται από ιδίους πόρους του Ιδρύματος, καθώς και από εθνικά, ευρωπαϊκά και διεθνή προγράμματα, για την εύρυθμη λειτουργία του ΕΣΔΠ και την εφαρμογή της Πολιτικής Ποιότητας του Πανεπιστημίου.
Κατά την περίοδο 2021-23 χρηματοδοτήθηκε από το ΕΣΠΑ 2014-20, ενώ ενεργή παραμένει σχετική πρόσκληση για την κατάθεση πρότασης χρηματοδότησης για νέα πακέτα εργασίας από το ΕΣΠΑ 2021-27.
